Omfattande utredningsarbete presenteras vid informationsmöten, i Håmöbladet, på webben samt genom anslag i klubbhuset. Vid årsmötet 2005 blir efter lång och livlig diskussion resultatet att styrelsen drar tillbaka sitt förslag. Årsmötet beslutar att utredningsarbetet skall fortsätta. Så småningom utarbetas ett förslag, som är betydligt mindre i omfattning och som innebär att greenområden på stora banan byggs om samt att vissa förändringar görs i dragningen av några hål. Vinsten med detta blir bl.a. att Driving Rangen kan utökas då det gäller längd. Förslaget vann i oktober 2006 det extra årsmötets gillande och planerings- och förberedelsearbeten har redan startat.
2005 påbörjar Jonnie Eriksson, tränare på Upsala GK, och Ronnie Andersson, verksam på Idrottens Hus, ett samarbete med Celsiusskolan som resulterar i att Uppsala får ett av Sveriges två Riksidrottsgymnasier för golf (det första finns i Ljungbyhed). Från att ha börjat i liten skala så är Celsiusskolan i Uppsala i samarbete med Upsala Golfklubb idag Sveriges största idrottsgymnasium för golf.
Fr.o.m. 2007 finns två tränare på klubben. Jonnie Eriksson, som varit head pro sedan 2003 får till 2007 års säsong sällskap av John Ahlbom, som kommer från Burviks GK.
2013 avslutar Jonnie Eriksson sin anställning, både på Upsala Golfklubb och på Golfgymnasiet, för en anställning på Svenska Golfförbundet som lagledare för Svenska Pojklanslaget som han 2014 coachade till EM-guld.
År 2007 genomförs en betydande administrativ omorganisation genom att befattningen klubbdirektör tas bort och ersätts av en anläggningschef (Mats Hagberg) och en klubbchef (Martin Wiklund). Den senare slutar dock efter en kort tid och ersattes av Christer Schenholm och Mats Hagberg utses då till verksamhetschef. I juni 2009 slutar Mats sin anställning på Upsala GK efter 26 år. Även beträffande banskötseln görs en förändring så att en ledningsgrupp bär ansvaret.
Under 2008 renoverades klubbhuset och första etappen av Masterplan 2008 (hål 11-18) genomfördes, slingan öppnades för spel våren 2009. Andra etappen av ombyggnaden och renoveringen av banan, hål 1-10, genomförs under 2009 och hela ombyggnaden öppnas för spel den 21 maj 2010.
Officiell invigning med Per Ulrik Johansson som speciellt inbjuden gäst skedde den 12 juni 2010.